Zeytine zarar veren sağlıklı ve kaliteli ürün elde edilmesini engelleyen ve ekonomik öneme sahip birçok hastalık ve zararlı bulunmaktadır.

Zeytin Sineği: Zeytin sineği kışı pupa halinde toprakta geçirir ve meyveler nohut büyüklüğünde iken yumurtalarını bırakırlar. Larvalar meyve eti içinde beslenerek gelişirler. Ergin sinekler tekrar yumurta bırakarak yılda 4-5 nesil verir.

Zeytin sineği meyvede 1/3 oranında ürün ve kalite kaybına, zeytin yağlarında ise asitliği artırdığı için zeytin yağlarının kalitesinin bozulmasına ve büyük miktarlarda ekonomik kayıplara neden olmaktadır.
Zeytin sineği ile mücadelede, popülasyon miktarını ekonomik zarar eşiği altında tutmak için sofralık zeytinlerde 100 meyvede 1-2'sinde, yağlık çeşitlerde ise 10'unda vuruk görüldüğünde kimyasallarla ilaçlanmalıdır ve yılda 3-4 kez tekrarlanmalıdır. Ayrıca zeytin sineği ile mücadelede biyolojik ve biyoteknik metotlar kullanılmaktadır.

Zeytin Güvesi: Lepidoptera takımından bir kelebek olup asıl zararı larvaları yapmaktadır. Her bir kelebek yılda 3 nesil verir ve bunlar zeytinin çiçeğine, meyvesine ve yaprağına zarar verirler. 1. nesil (çiçek nesli) çiçek tomurcuklarını kurutur.2. nesil (meyve nesli) meyve çekirdeğine girerek meyvelerin dökülmesine neden olur. 3.nesil (yaprak nesli) yaprakta galeriler açarak tahrip eder. İlk 2 nesil ekonomik anlamda büyük zararlara yol açar

Zeytin güvesine karşı savaş, çiçek, meyve ve yapraklardaki tahribat %10'u bulduğu zaman başlamalıdır. Özellikle ilk 2 nesil için nisan- mayıs ve haziran başında sistemik etkili ilaçlarla kimyasal mücadele yapılmalıdır.

Halkalı Leke: Hastalığın etmeni bir fungus olup yapraklarda siyahımsı- gri renkte iç içe halkalar şeklinde ortaya çıkar. Özellikle nemli ve yağışlı bölgelerde sık görülür. Hastalığa yakalanan ağaçlarda fazla miktarda yaprak dökülmeleri olur, sürgünler ve ince dallarda kurumalar olabilir. Dolayısıyla meyve veriminde bir düşüş olmaktadır.
Halkalı leke ile mücadelede, kültürel tedbirler (nemli yerlerde zeytinlik kurmama, taban suyu yüksek ise drenaj kanalları açma, budama ile ağaçları havalandırma vs.) ile ilkbahar ve sonbahar yağmurlarından önce kimyasal mücadele (%1-2'lik bordo bulamacı ve bakırlı ilaçlar) yapılmalıdır.

Dal Kanseri: Hastalığın etmeni bir bakteri olup kök, gövde, yaprak ve meyvelerinde ur şeklinde görülür. Sadece yaralı kısımlardan bitkiye girer ve hastalık yapar. Bu nedenle hasat sırasında çırpmalardan kaçınmalıdır. Ayrıca dolu ve don olaylarının sonucunda ağaçta meydana gelen yaralarda hastalığın yayılmasında önemli etkenler olmaktadır.
Zeytin dal kanseri ile mücadelede bazı kültürel tedbirlerin yanında kimyasal mücadele yapılmalıdır. Kanserle bulaşık olan zeytinliklerde yılda 4 kez %1-2'lik bordo bulamacı ile ilaçlama yapılmalı ve 2 yıl tekrarlanmalıdır.